বলতে গেলে বরগুনার ভূকন্ডটির চারপাশে ঘিরে আছে অসংখ্য নদ-নদী আর খাল। পদ্মা, মেঘনা, আড়িয়াল খাঁ ও মধূমতি নদীর অববাহিকায় অবিস্থিত হচ্ছে বরগুনা জেলা। বরগুনার প্রকৃতি নদী আর সাগর নির্ভর। জেলার প্রধান নদ-নদী হচ্ছে পায়রা, বিষখালী, বলেশ্বর ও হরিণঘাটা। এছাড়া খাকদোন, টিয়াখালী নদী, টিয়াখালী দোন, বগীরখাল, বেহুলা নদী, চাকামা্ইয়া দোন, নিদ্রাখাল, আমতলী নদী ইত্যাদি জেলার প্রধান নদী ও খাল। এছাড়াও জেলার বিভিন্ন স্থানে কমপক্ষে ৩০০ টি প্রাকৃতিক খাল রয়েছে। এ জেলায় মোট ১৬০ বর্গ কিলোমিটার নদী রয়েছে যা জেলার মোট আয়তনের ২২ ভাগ।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস